Linux 命令速查手册
man - 获得帮助
ls - 显示目录内容
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| ls
ls -l
ll -h
ll -t
ll -tr
watch -n 3 -dc ls -l
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pwd - 显示当前目录
cd - 切换目录
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| cd dir
cd
cd ~
cd ..
cd -
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mkdir - 创建目录
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| mkdir dir
mkdir -p dir1/dir2
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cat - 合并文件（按行）
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| cat file
cat file1 file2
cat R1.fq.gz R2.fq.gz
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paste - 合并文件（按列）
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| paste -d ' ' file1 file2
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split - 分割文件
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| split -d -l 10000 file chunk_
split -d -b 100m file chunk_
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cut - 剪切文件
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| cut -f 1 file
cut -f 1,2
cut -f 3-
cut -d ' ' -f 1 file
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less, head, tail -
显示文件内容
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| less file
less -SN file
head file
head -n 20 file
tail file
tail -n 20 file
tail -n +2 file
tail -f file
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wc - 统计文件内容
touch - 创建文件
cp, mv, rm-
文件/目录的复制，移动，删除
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| scp file1 file2
scp -rmv file1 dir1/
mv file1 file2
rm file
rm -rm -f file
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tar - 文件打包/压缩
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tar czvf file.tar.gz files
tar xvf file.tar.gz
gzip file
gunzip file.gz
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chmod - 改变文件/目录权限
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| chmod +x file
chmod -x file
chmod a+x file
chmod a-x file
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chown - 改变文件/目录归属
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| chown User:UserGroup file
chown -R User:UserGroup dir
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sort, uniq - 排序，去重
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| sort file
sort -k2,2 -k3,3 file
sort -k2,2n file
sort -k2,2nr file
sort -u file
sort file | uniq
sort a b | uniq
sort a b | uniq -d > c
sort a c | uniq -u
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wget - 下载文件
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| wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.09-0-Linux-aarch64.sh
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ssh - 远程登录
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| ssh username@host
ssh username@host -p PORTS
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scp - 远程文件传输
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| scp username@host:/path/to/file .
scp file username@host:/path/to/dir/
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rsync - 远程文件拷贝
rsync 与 scp
不同，它只是做增量更新且支持断点续传，也就是要复制的文件存在于目标文件夹且内容与当前要复制的相同，则不会复制。
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| rsync -azvP dir1 dir2
rsync -azvP --delete dir1 dir2
rsync -azvP --exclude 'file' dir1 dir2
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df, du, free -
查看磁盘/内存使用情况
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| df -h
du -sh
du -sh *
free -h
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top, htop, ps, kill - 任务管理
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| top -c
htop
ps aut
kill -9 PID
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nohup，disown - 远程任务管理
在终端如果看到以下输出说明运行成功：
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| appending output to nohup.out
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这时我们打开 root 目录 可以看到生成了 nohup.out 文件。
如果要停止运行，你需要使用以下命令查找到 nohup 运行脚本到
PID，然后使用 kill 命令来删除：
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| ps -aux | grep "runoob.sh"
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| nohup COMMAND > error.log &
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| - 管道
管道，将前一个命令的输出作为后一个命令的输入
command1 | command2
>, >> - 输入输出重定向
Linux 中常用重定向操作符有：
标准输入 /dev/stdin：代码为0，
使用<或<<
标准输出
/dev/stdout：代码为1，使用>（覆盖）或>>（追加）
标准错误输出 /dev/stderr：代码为
2，使用2>或 2>>
&> 标准输出和错误输出同时重定向
/dev/null
代表垃圾箱，不想要保存的东西都可以重定向到这里
find, locate, which -
文件查找
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| find -name file
find dir/ -name file
find dir/ -name '*file*'
locate file
which command
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xargs - 命令组合工具
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| cat file | xargs
cat file | xargs -n3
find /home/data -name '*.gz' | xargs -n1 -I{} cp {} /archives/data/
find /ifs/result -name '*.gz' | xargs tar czvf all.gz
find . -type f -name '*.log' -print0 | xargs -0 rm -f
find . -type f -name '*.py' -print0 | xargs -0 wc -l
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parallel - 并行工具
parallel 是增强版的 xargs。假如一个脚本文件中有 4 条命令：
假设有这样一个.sh 1
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echo a
echo b
echo c
echo d
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cat run.sh | parallel -j 4
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| find *.fq | parallel -j 12 "fastqc {} --outdir ."
find *.bam | parallel --dry-run 'samtools index {}'
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useradd - 添加用户
groupadd - 添加用户组
usermod - 修改用户
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| usermod -c "Hello World !" <username>
usermod -d /var/www <username>
usermod -L <username>
usermod -U <username>
usermod -aG <usergroup> <username>
usermod -G <usergroup><username>
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passwd - 更改密码
grep
用于查找文件里符合条件的字符串。
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| grep [-abcEFGhHilLnqrsvVwxy][-A<显示列数>][-B<显示列数>][-C<显示列数>][-d<进行动作>][-e<范本样式>][-f<范本文件>][--help][范本样式][文件或目录...]
grep pattern files
grep -v pattern files
grep -f pattern.txt files
grep -i pattern files
grep -i pattern files
grep -n pattern files
grep -c pattern files
grep -l pattern files
grep -L pattern files
grep -C number pattern files
grep pattern1 | grep pattern2 files
grep -E "pattern1|pattern2" files
grep '^#' result.vcf
grep '^hello$' files
grep -v '^\s*$' file
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sed
sed 是 stream editor 的缩写，中文称之为“流编辑器”。
command 部分，针对每行要进行的处理
file，要处理的文件
Actions
d：删除该行
p：打印该行
i：在行的前面插入新行
a：在行的后面插入新行
r：读取指定文件的内容。
w：写入指定文件。
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| sed -n '10p' file
sed -n '10,20p' file
sed -n '/pattern/p' file
sed -n '/pattern1/,/pattern2/p' file
sed '10d' file
sed '10,20d' file
sed '/pattern/d'
sed '/^\s*$/d' file
sed 's/^\s*//' file
sed 's/\s*$//' file
sed 's/^\s*//;s/\s*$//' file
sed 's/AA/BB/' file
sed 's/AA/BB/g' file
sed -i 's/AA/BB/g' file
sed '/CC/s/AA/BB/g' file
sed 's/pattern/&XXXX/' file
sed 's/pattern.*/&XXXX' file
sed 'y/ABC/XYZ/' file
sed '1i\hello' file
sed '1a\hello' file
sed '1r file2' file1
sed '/pattern/w file2' file1
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